Когда начинаешь изучать смарт карты, то все выглядит достаточно понятно и логично: команды APDU несложны и описаны в ISO 7816-4, интерфейс winscard описан в MSDN. В глубины PCSC погружаться особо и не приходится. Первые программы можно написать довольно быстро. Непонятные особенности вылезают чуть...